Organami Spółki są: Zarząd, Rada Nadzorcza i Walne Zgromadzenie. 
 
Zarząd PEC S.A. 
Zarząd Spółki składa się z jednego do dwóch członków. Liczbę Członków Zarządu określa Rada Nadzorcza.  
Członkowie Zarządu, w tym Prezes Zarządu, są powoływani i odwoływani uchwałą Rady Nadzorczej. Członków Zarządu powołuje się na okres wspólnej trzyletniej kadencji.
 
Zarząd działa na podstawie Statutu Spółki oraz powszechnie obowiązujących przepisów prawa.
 
W skład Zarządu wchodzą:
 
Tomasz Włodarczyk - Prezes Zarządu
Grzegorz Pelczar - Członek Zarządu
 
Rada Nadzorcza PEC S.A.
Rada Nadzorcza składa się z czterech członków powoływanych i odwoływanych przez Walne Zgromadzenie. Kadencja Rady Nadzorczej trwa trzy lata.
 
Rada rozstrzyga we wszystkich sprawach, które w świetle ustaw i Statutu Spółki nie są zastrzeżone do wyłącznej kompetencji Walnego Zgromadzenia, a także w tych, których rozstrzygnąć nie jest w stanie Zarząd w przyznanym mu działaniu.
 
Kompetencje Rady określa Statut i Regulamin Pracy Rady Nadzorczej.
W skład Rady Nadzorczej wchodzą:
     Sroka Grzegorz - Przewodniczący Rady Nadzorczej
     jako reprezentanci PGE Energia Ciepła S.A. w Warszawie oraz
     Leśniewski Konrad - Wiceprzewodniczący Rady Nadzorczej 
     Skonieczka Agnieszka - Sekretarz Rady Nadzorczej 
jako reprezentanci Gminy i Miasta Bogatynia 
 
Walne Zgromadzenie
Kompetencje Walnego Zgromadzenia określa Statut i Regulamin Walnego Zgromadzenia.
W skład Walnego Zgromadzenia wchodzą:
 Akcjonariusz Gmina i Miasto Bogatynia   
 
 Akcjonariusz PGE Energia Ciepła S.A. w Warszawie